证据整合 + 功能模块(14)
本章整合三层证据(单细胞 DE + Pseudobulk DE + 功能模块归属),筛选高置信度创面修复候选基因,并用 Module Score 量化各功能模块在组间的活性差异。
功能模块定义
7 个创面愈合功能模块:
| 模块 | 含义 |
|---|---|
| ECM_remodeling | 细胞外基质重塑 |
| Angiogenesis | 血管新生 |
| Re_epithelialization | 再上皮化 |
| Inflammation_resolution | 炎症消退 |
| Proliferation | 细胞增殖 |
| Hair_follicle_regen | 毛囊再生 |
| Fibroblast_activation | 成纤维细胞激活 |
模块打分可视化
Module Score Heatmap
Module DotPlot(按组)
三层证据整合
证据评分规则:
- ev_sc = 1:单细胞 Wilcoxon DE 显著(padj < 0.05)
- ev_pb = 1:Pseudobulk DESeq2 显著(padj < 0.05)
- ev_module = 1:基因属于某功能模块
evidence_score = ev_sc + ev_pb + ev_module(满分 3)
候选等级:
- A 级:evidence_score = 3 且方向一致
- B 级:evidence_score = 2 且方向一致
- C 级:evidence_score = 1
一致性散点图
火山图(Fibroblasts 证据标注)
优先基因列表
各细胞类型证据汇总
📂 本节相关产出文件
统计表
- 14_priority_genes.csv — 优先基因列表 | 在线下载 | 本地查看
- 14_module_scores.csv — 全细胞模块打分 | 在线下载 | 本地查看
- 14_evidence_integrated.csv — 完整证据表 | 在线下载 | 本地查看
图(PDF 高清版)
- 14_module_heatmap.pdf
- 14_module_dotplot_by_group.pdf
- 14_consistency_scatter.pdf
- 14_volcano_evidence_fibroblasts.pdf
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