| ionmode | total | dem | up | down | annotated | with_kegg |
|---|---|---|---|---|---|---|
| pos | 21693 | 1378 | 852 | 526 | 236 | 88 |
| neg | 10069 | 960 | 330 | 630 | 125 | 52 |
粪便：差异代谢物
筛选标准
| 阈值 | 取值 | 说明 |
|---|---|---|
| P value (Welch t test) | < 0.05 | vendor 一致 |
| VIP (OPLS-DA) | > 1.0 | vendor 一致 |
| |log2 FC| | > 1.0 | 我们额外加的（vendor 没用），减少 FC 接近 1 的噪声 |
提示
若想放宽到只保留前两条标准（贴近 vendor）：编辑 config/params.yaml，把 dem.fc_threshold 改成 0，重跑 04_dem.R + 06_plots.R 即可。
数量摘要
火山图
Top DEM 热图
按 P 值升序取前 50 个 DEM，per-feature z-score 标准化。
DEM 完整列表（含 MS2 注释）
每行一个 DEM，包含：
- 统计学：log2FC、P 值、FDR、VIP、Cohen’s d、log2FC 95% bootstrap CI
- MS2 注释（若有匹配）：name、formula、KEGG、HMDB、分类、MSI 置信度
可全文搜索代谢物名/KEGG ID，可点列头排序。
📂 差异分析相关产出文件
统计表（TSV）
- dem_summary.tsv — pos/neg DEM 数量摘要 | 在线下载 | 本地查看
- pos_ttest_results.tsv — 全部特征 t 检验（含 Cohen’s d, log2FC bootstrap CI） | 在线下载 / neg_ttest_results.tsv | 本地查看 / neg_ttest_results.tsv
- pos_dem_full.tsv — t 检验 + VIP 合并全表 | 在线下载 / neg_dem_full.tsv | 本地查看 / neg_dem_full.tsv
- pos_dem_filtered.tsv — 三阈值筛选后的 DEM 列表 | 在线下载 / neg_dem_filtered.tsv | 本地查看 / neg_dem_filtered.tsv
- pos_dem_annotated.tsv — DEM + MS2 鉴定信息（含 KEGG/HMDB/分类） | 在线下载 / neg_dem_annotated.tsv | 本地查看 / neg_dem_annotated.tsv
- dem_annotated_combined.tsv — pos+neg DEM 合并（跨模式分析用，可直接用于高级分析） | 在线下载 | 本地查看
图（PNG + PDF 高清版）