KEGG 通路图(18)
本章涵盖 KEGG 通路可视化(18.R + 18a/b/c)。包括 GSEA 山脊图和交互式 KEGG 通路浏览器。
GSEA 山脊图
各亚群显著富集通路的 GSEA Mountain Plots(共 10 页):
KEGG 通路交互浏览器
18a/b/c 脚本通过 KEGG API 下载通路图,标注差异基因的 log2FC 颜色,生成可交互的 HTML 页面。
共覆盖 5 个对比组 × 多条通路:
| 对比组 | 亚群 | 含义 |
|---|---|---|
| C0_Immature_DvC | Immature 亚群 | Disease vs Control |
| C0_Immature_TvD | Immature 亚群 | Treatment vs Disease |
| C1_IFNg_Active_DvC | IFNγ-Active 亚群 | Disease vs Control |
| C1_IFNg_Active_TvD | IFNγ-Active 亚群 | Treatment vs Disease |
| C23_NETs_Death_TvD | NETs/Death 亚群 | Treatment vs Disease |
共 202 张通路 PNG + 181 个交互 HTML 页面。
注记
点击下方链接进入 KEGG 通路浏览器(独立子站点),可逐条通路查看基因高亮:
在通路浏览器中,每张通路图上的基因节点按 log2FC 着色(红=上调,蓝=下调),鼠标悬停可查看基因名和表达值。
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