亚群分析(14-16)

本章涵盖中性粒细胞重聚类(14)、亚型 GO/KEGG(15)和 GSEA(16)。

14 — 中性粒细胞重聚类

从 04 的中性粒子集出发,去除混入的 T 细胞(Cluster 5)和 B 细胞(Cluster 6),对剩余细胞重新聚类,得到 4 个功能亚群

亚群 命名 特征
C0 Immature 未成熟中性粒,低促炎基因
C1 IFNγ-Active IFN-γ 响应激活态
C2 NETs-prone NETosis 倾向
C3 Death/Apoptotic 凋亡/死亡态

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

中性粒细胞 4 亚群 UMAP(按 cluster / group 着色)

Top 20 Marker 热图

各亚群 Top 20 Marker 基因热图

各亚群 Top 20 Marker 基因热图

15 — 亚型 GO/KEGG 富集

对每个亚群的 marker 基因分别做 GO 和 KEGG 富集,揭示各亚群的功能特征。

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

各亚群 GO/KEGG 富集 DotPlot

16 — GSEA 分析

对各亚群在 Disease vs Control 对比下做 GSEA(Gene Set Enrichment Analysis),识别组间差异通路。

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

各亚群 GSEA 结果(按 NES 排序)

Disease 组在 C1 (IFNγ-Active) 亚群中 NF-κB、TNF 信号通路显著富集;C0 (Immature) 亚群在 Disease 组比例升高。

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