中性粒提取 + 差异分析（04-09）
本章涵盖中性粒细胞子集提取（04）和差异表达分析全流程（05-09）。
04 — 中性粒细胞子集提取
从 03 注释后的 Seurat 对象中提取 Granulocytes（中性粒细胞），作为后续所有分析的起点。
IL-1β 综合分析
IL-1β 是中性粒细胞促炎功能的核心标志，在 Disease 组显著上调。
05 — 差异表达分析
两组对比：
- Disease vs Control (D vs C)：疾病效应
- Treatment vs Disease (S vs D)：治疗效应
火山图
Rescue 基因热图
“Rescue genes” = D vs C 上调 且 S vs D 下调的基因（治疗恢复了疾病引起的变化）。
共筛出 1,524 个 rescue 基因。
DEG 统计表
GO 富集（S vs D 治疗效应）
06 — GO 富集（治疗效应深入）
07 — Top 基因热图（三组对比）
08 — 全基因差异（轨迹分析用）
对全部基因做差异分析（不设 log2FC 阈值），为后续轨迹推断和 GSEA 提供完整排序。
09 — 关键基因可视化
📂 本节相关产出文件
统计表
- 05_DEG_Disease_Model(D_vs_C).csv — D vs C 全部 DEG（9,458 基因） | 在线下载 | 本地查看
- 05_DEG_Treatment_Effect(S_vs_D).csv — S vs D 全部 DEG（9,207 基因） | 在线下载 | 本地查看
- 05_Rescue_Genes_List.csv — Rescue 基因列表（1,524 个） | 在线下载 | 本地查看
- 07_Ribosome_Pathway_Genes.csv — 核糖体通路基因 | 在线下载 | 本地查看
- 07_Significant_Genes_List_for_Teacher.csv — 老师关注基因列表 | 在线下载 | 本地查看
- 08_All_Genes_Disease_Effect(D_vs_C).csv — 全基因 D vs C | 在线下载 | 本地查看
- 08_All_Genes_Treatment_Effect(S_vs_D).csv — 全基因 S vs D | 在线下载 | 本地查看
- 08_All_Genes_Recovery_Status(S_vs_C).csv — 全基因 S vs C | 在线下载 | 本地查看
- 08_All_Genes_Recovery_Status(T_vs_C).csv — 全基因 T vs C | 在线下载 | 本地查看
图（PDF 高清版）
- 04_Il1b_Comprehensive_Analysis.pdf
- 05_Volcano_Two_Comparisons.pdf
- 05_Heatmap_Rescue_Effect.pdf
- 05B_GO_Enrichment_S_vs_D.pdf
- 06_GO_Enrichment_Treatment_Effect.pdf
- 07_Top_Genes_Heatmap_3Groups.pdf
- 07_Top_Genes_Heatmap_with_Names.pdf
- 08_Global_Trajectory_Heatmap.pdf
- 09_A_ViolinPlots_KeyGenes.pdf
- 09_B_DotPlot_Overview.pdf
- 09_C_Dual_Volcano_Rescue.pdf