功能态打分(19)

通过预定义的小鼠免疫/炎症功能模块基因集,使用 Seurat::AddModuleScore 对每个细胞打分,量化不同功能状态在 Control vs Disease 之间的差异。

19.1 — 功能模块定义

7 个模块涵盖炎症、应激、修复三大类生物学过程:

模块 含义 代表基因
Proinflammatory 促炎反应 Il1b, Tnf, Il6, Cxcl1/2, Ccl3/4, Nos2
Anti_inflammatory 抗炎/调节 Tgfb1, Il10, Arg1, Cd274, Socs3, Mrc1
Oxidative_Stress 氧化应激 Sod1/2, Cat, Gpx1, Nfe2l2, Hmox1
Apoptosis 细胞死亡 Bax, Bcl2, Casp3, Casp1, Ripk3, Mlkl
ECM_Remodeling 基质重塑 Mmp2/9, Col1a1, Col3a1, Fn1, Timp1
Proliferation 增殖 Mki67, Top2a, Pcna, Stmn1, Cdk1
IFN_Response 干扰素应答 Isg15, Ifit1/2/3, Rsad2, Irf7, Stat1

19.2 — UMAP 上的功能得分

各功能模块在 UMAP 上的细胞级评分(多页)

各功能模块在 UMAP 上的细胞级评分(多页)

19.3 — 组间比较(Violin)

Control vs Disease 各模块得分分布对比

Control vs Disease 各模块得分分布对比

19.4 — 各亚群得分热图

重聚类亚群 × 功能模块平均得分(z-score)

重聚类亚群 × 功能模块平均得分(z-score)

19.5 — 统计检验

每个模块在 Control vs Disease 间做 Wilcoxon 检验,BH 矫正得 p_adj。

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