富集分析(06, 08, 15-16, 18)

DEG 列表通过 clusterProfiler 进行 GO 与 KEGG 富集,进一步用 GSEA 做无阈值的全转录组通路分析,最后用 pathview 在 KEGG 通路图上标注差异基因。

06 — GO 富集(Disease vs Control)

GO 富集 dotplot(Up/Down in Disease)

GO 富集 dotplot(Up/Down in Disease)

08 — KEGG 富集

KEGG 富集 dotplot

KEGG 富集 dotplot

15 — GSEA(GO + KEGG)

GSEA 不依赖 DEG 阈值,按 log2FC 对全部基因排序后做通路富集。

GSEA 结果(GO-BP + KEGG,按 NES 排序)

GSEA 结果(GO-BP + KEGG,按 NES 排序)

16 — 各亚群 GSEA

对重聚类(14)后的各亚群分别做 Disease vs Control 的 GSEA。

各亚群 GSEA 结果(dotplot 多页)

各亚群 GSEA 结果(dotplot 多页)

18 — KEGG Pathview

将 DEG log2FC 直接画在 KEGG 通路图上,红色 = 上调,绿色 = 下调。

生成的 Pathview 通路图:

- mmu04060.pathview.png
- mmu04064.pathview.png
- mmu04620.pathview.png
- mmu04630.pathview.png
- mmu04668.pathview.png
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