QC + 细胞注释（01-03）
本章涵盖分析流程的前三步：从 Cell Ranger 输出加载（01）、质控+降维+聚类（02）、自动细胞类型注释（03）。
01 — 样本加载与质控
6 个样本的 Cell Ranger filtered_feature_bc_matrix 输出加载后合并为单一 Seurat 对象。质控标准：
nFeature_RNA> 200 且 < 7,500nCount_RNA< 50,000percent.mt< 20%（线粒体比例，pattern^mt-）
02 — 降维与聚类
标准化（LogNormalize）→ 2,000 高变基因 → ScaleData（回归 nCount_RNA + percent.mt）→ PCA（50 PC）→ Harmony 批次校正 → UMAP → Louvain 聚类。
PCA
UMAP 可视化
Marker 基因
03 — SingleR 自动注释
主参考：celldex::MouseRNAseqData()；辅助参考：celldex::ImmGenData()（更精细的免疫细胞分型）。注释在 cluster 层级，避免单细胞噪声。
注释结果（MouseRNAseqData）
注释结果（ImmGenData，免疫精细分型）
细胞类型组成
📂 本节相关产出文件
统计表
- sample_info.csv — 样本分组信息 | 在线下载 | 本地查看
- 02_cluster_markers_all.csv — 全部 Cluster Marker 基因 | 在线下载 | 本地查看
- 03_cell_type_stats.csv — 细胞类型统计 | 在线下载 | 本地查看
- 03_cell_type_proportion.csv — 细胞类型比例 | 在线下载 | 本地查看
图（PDF 高清版）
- 01_qc_metrics_summary.pdf — QC 指标
- 02_pca_analysis.pdf — PCA
- 02_umap_visualization.pdf — UMAP
- 02_marker_panel_dotplot.pdf — Marker DotPlot
- 02_top_markers_violin.pdf — Marker ViolinPlot
- 03_annotation_result.pdf — MouseRNAseqData 注释
- 03_annotation_immgen.pdf — ImmGenData 注释
- 03_celltype_composition.pdf — 细胞组成