# 差异分析（04-09）

本章涵盖差异表达分析：先在全部细胞类型上做组间比较以选出”重点亚群”（04），然后聚焦该亚群做精细的差异分析（05-09）。

## 04 — 细胞比例 + 全细胞类型 DE

### 细胞比例检验

每个细胞类型在 Disease vs Control 的细胞比例做 t 检验，识别比例显著变化的亚群。

细胞类型比例堆叠图 + 显著性

### 全局火山图

Disease vs Control 全局 DEG 火山图（混合所有细胞类型）

### 各细胞类型 DEG 数量

DEG 数量排名前 5 的细胞类型（重点亚群从此选出）
cell_type | total
--- | ---
Macrophages | 4514
Fibroblasts | 2956
Granulocytes | 2823
Monocytes | 2750
Adipocytes | 1185

## 05 — 重点亚群 DEG（火山图 + 热图）

重点亚群 Disease vs Control 火山图

Top DEG 在 Control vs Disease 的表达热图

## 07 — Top DEG 热图（细化）

Top DEG 单细胞表达热图（按组分块）

## 09 — 关键基因可视化

### Violin Plot

Top DEG 在 Control vs Disease 的 Violin 分布

### Dot Plot

Top DEG DotPlot（按组）

### Feature Plot（split）

Top DEG UMAP FeaturePlot（Control / Disease 分图）
📂 本节相关产出文件

统计表

- 04_celltype_proportion_test.csv — 细胞比例检验 | 在线下载 | 本地查看
- 04_DEG_global_DvsC.csv — 全局 DEG | 在线下载 | 本地查看
- 04_DEG_DvsC_per_celltype.csv — 各细胞类型 DEG | 在线下载 | 本地查看
- 04_DEG_summary_per_celltype.csv — 各细胞类型 DEG 数量 | 在线下载 | 本地查看
- 04_celltype_rank_by_DEG.csv — 重点亚群排名 | 在线下载 | 本地查看
- 05_DEG_Disease_vs_Control.csv — 重点亚群 DEG | 在线下载 | 本地查看

图（PDF 高清版）

- 04_celltype_proportion.pdf
- 04_volcano_global_DvsC.pdf
- 05_Volcano_DvsC.pdf
- 05_Heatmap_DvsC.pdf
- 07_Top_DEG_Heatmap.pdf
- 09_A_ViolinPlots_TopDEG.pdf
- 09_B_DotPlot_TopDEG.pdf
- 09_C_FeaturePlot_Split.pdf