# 富集分析（06, 08, 15-16, 18）

DEG 列表通过 `clusterProfiler` 进行 GO 与 KEGG 富集，进一步用 GSEA 做无阈值的全转录组通路分析，最后用 `pathview` 在 KEGG 通路图上标注差异基因。

## 06 — GO 富集（Disease vs Control）

GO 富集 dotplot（Up/Down in Disease）

## 08 — KEGG 富集

KEGG 富集 dotplot

## 15 — GSEA（GO + KEGG）

GSEA 不依赖 DEG 阈值，按 log2FC 对全部基因排序后做通路富集。

GSEA 结果（GO-BP + KEGG，按 NES 排序）

## 16 — 各亚群 GSEA

对重聚类（14）后的各亚群分别做 Disease vs Control 的 GSEA。

各亚群 GSEA 结果（dotplot 多页）

## 18 — KEGG Pathview

将 DEG log2FC 直接画在 KEGG 通路图上，红色 = 上调，绿色 = 下调。

    生成的 Pathview 通路图：

    - mmu04060.pathview.png
    - mmu04064.pathview.png
    - mmu04620.pathview.png
    - mmu04630.pathview.png
    - mmu04668.pathview.png

📂 本节相关产出文件

统计表

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- 08_KEGG_Down_in_Disease.csv | 在线下载 | 本地查看
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图（PDF 高清版）

- 06_GO_Enrichment_DvsC.pdf
- 08_KEGG_Enrichment_DvsC.pdf
- 15_GSEA_Results.pdf
- 16_Subcluster_GSEA.pdf