# QC + 细胞注释（01-03）

本章涵盖分析流程的前三步：从 Cell Ranger 输出加载（01）、质控+降维+聚类（02）、自动细胞类型注释（03）。

## 01 — 样本加载与质控

6 个样本的 Cell Ranger `filtered_feature_bc_matrix` 输出加载后合并为单一 Seurat 对象。质控标准：

- `nFeature_RNA` > 200 且 < 7,500
- `nCount_RNA` < 50,000
- `percent.mt` < 20%（线粒体比例，pattern `^mt-`）

各样本 QC 指标分布（nFeature、nCount、percent.mt）

## 02 — 降维与聚类

标准化（LogNormalize）→ 2,000 高变基因 → ScaleData（回归 nCount_RNA + percent.mt）→ PCA（50 PC）→ Harmony 批次校正 → UMAP → Louvain 聚类。

### PCA

PCA 与 Harmony 整合前后对比

### UMAP 可视化

UMAP 聚类结果（按 cluster / group / sample 着色）

### Marker 基因

细胞类型 Marker DotPlot（小鼠经典 Marker 集）

Top Marker 基因 ViolinPlot

## 03 — SingleR 自动注释

主参考：`celldex::MouseRNAseqData()`；辅助参考：`celldex::ImmGenData()`（更精细的免疫细胞分型）。注释在 cluster 层级，避免单细胞噪声。

### 注释结果（MouseRNAseqData）

SingleR 注释 UMAP（MouseRNAseqData）

### 注释结果（ImmGenData，免疫精细分型）

SingleR 注释 UMAP（ImmGenData）

### 细胞类型组成

细胞类型在 Control vs Disease 的组成对比
📂 本节相关产出文件

统计表

- sample_info.csv — 样本分组信息 | 在线下载 | 本地查看
- 02_cluster_markers_all.csv — 全部 Cluster Marker 基因 | 在线下载 | 本地查看
- 03_cell_type_stats.csv — 细胞类型统计 | 在线下载 | 本地查看
- 03_cell_type_proportion.csv — 细胞类型比例 | 在线下载 | 本地查看

图（PDF 高清版）

- 01_qc_metrics_summary.pdf — QC 指标
- 02_pca_analysis.pdf — PCA
- 02_umap_visualization.pdf — UMAP
- 02_marker_panel_dotplot.pdf — Marker DotPlot
- 02_top_markers_violin.pdf — Marker ViolinPlot
- 03_annotation_result.pdf — MouseRNAseqData 注释
- 03_annotation_immgen.pdf — ImmGenData 注释
- 03_celltype_composition.pdf — 细胞组成