GSEA + KEGG Pathview（12-13）

GSEA 不依赖 DEG 阈值，按 log2FC 对全部基因排序后做通路富集；Pathview 把 DEG log2FC 直接画在 KEGG 通路图上（红=上调，绿=下调）。

12 — GSEA（GO + Hallmark + KEGG）

Fibroblasts

GSEA GO — Fibroblasts

GSEA Hallmark — Fibroblasts

GSEA KEGG — Fibroblasts

Macrophages

GSEA GO — Macrophages

GSEA Hallmark — Macrophages

GSEA KEGG — Macrophages

Endothelial cells / Epithelial cells

GSEA Hallmark — Endothelial cells

GSEA Hallmark — Epithelial cells

免疫细胞

GSEA Hallmark — T cells

GSEA Hallmark — NK cells

GSEA Hallmark — Monocytes

GSEA Hallmark — Granulocytes

GSEA 汇总表

13 — KEGG Pathview 通路图

将 DEG log2FC 直接画在 KEGG 通路图上，按细胞类型分目录：

Fibroblasts 通路图

共 5 条 Fibroblasts 通路图：

- mmu03010.Fibroblasts.png
- mmu04061.Fibroblasts.png
- mmu04382.Fibroblasts.png
- mmu05171.Fibroblasts.png
- mmu05323.Fibroblasts.png

KEGG Pathview — Fibroblasts (示例 1)

KEGG Pathview — Fibroblasts (示例 2)

Macrophages 通路图

共 5 条 Macrophages 通路图：

- mmu04145.Macrophages.png
- mmu04380.Macrophages.png
- mmu05164.Macrophages.png
- mmu05168.Macrophages.png
- mmu05323.Macrophages.png

KEGG Pathview — Macrophages (示例 1)

KEGG Pathview — Macrophages (示例 2)

其他细胞类型通路图

• Endothelial cells: figures/pathview/Endothelial_cells/
• Epithelial cells: figures/pathview/Epithelial_cells/

📂 本节相关产出文件

统计表

• 12_gsea_summary.csv — GSEA 汇总 | 在线下载 | 本地查看

图（PDF 高清版）

• 12_GSEA_Hallmark_Fibroblasts.pdf
• 12_GSEA_Hallmark_Macrophages.pdf
• （其余各细胞类型 GO / Hallmark / KEGG PDF 同理在 figures/gsea/）

KEGG 通路图目录

• figures/pathview/Fibroblasts/ — Fibroblasts 各通路 PNG
• figures/pathview/Macrophages/ — Macrophages 各通路 PNG
• figures/pathview/Endothelial_cells/ — Endothelial cells 通路 PNG
• figures/pathview/Epithelial_cells/ — Epithelial cells 通路 PNG