差异分析 + 富集（04-08）

本章涵盖细胞比例分析、各细胞类型差异表达、GO/KEGG 富集和 Pseudobulk DESeq2 验证。

04 — 细胞比例

各细胞类型在 Control / Treatment 中的比例

各细胞类型在 Control / Treatment 中的比例

05 — GO 富集（各细胞类型）

各细胞类型 Treatment vs Control 的 GO 富集 dotplot：

GO — Fibroblasts

GO — Fibroblasts

GO — Macrophages

GO — Macrophages

GO — Endothelial cells

GO — Endothelial cells

GO — Epithelial cells

GO — Epithelial cells

GO — T cells

GO — T cells

GO — NK cells

GO — NK cells

GO — Monocytes

GO — Monocytes

GO — Adipocytes

GO — Adipocytes

05 — KEGG 富集（各细胞类型）

KEGG — Fibroblasts

KEGG — Fibroblasts

KEGG — Macrophages

KEGG — Macrophages

KEGG — Endothelial cells

KEGG — Endothelial cells

KEGG — Epithelial cells

KEGG — Epithelial cells

KEGG — T cells

KEGG — T cells

KEGG — NK cells

KEGG — NK cells

KEGG — Granulocytes

KEGG — Granulocytes

KEGG — Monocytes

KEGG — Monocytes

06 — 差异表达（Treatment vs Control）

08 — Pseudobulk DESeq2

Pseudobulk 方法将每个样本-细胞类型组合聚合为一个”bulk”样本，用 DESeq2 做组间差异，控制样本间变异。

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统计表

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