粪便：概览

基本信息

• 矩阵：粪便（feces）
• vendor 批次：biodeep FD20251000019
• 样本数：20（Con 10 + Dep 10，对称）
• 离子模式：正离子 (pos) + 负离子 (neg) 各一套独立 peak table

特征量统计

Vendor peak table 特征数（detection 过滤前后）

ionmode	total_features	after_filter	removed
pos	21693	21693	0
neg	10069	10069	0

vendor peak table 已经做过 peak picking + 对齐 + 归一化，我们直接用 normalized sheet。粪便样本检出率高，所有特征都通过了组内检出率 ≥ 50% 的过滤。

QC 指标分布

RSD 集中在 ~50% 以下说明样本间稳定性较好；超过 100% 的特征数量可控，主要是低丰度特征。

分析摘要

阶段	pos 输出	neg 输出
Peak features	21,693	10,069
Detection 过滤后	21,693	10,069
t 检验 P<0.05	2,955	2,099
OPLS-DA VIP>1.0	多	多
三阈值 DEM (P<0.05 & VIP>1 & |log2FC|>1)	1,378	960
含 MS2 鉴定的 DEM	236	125
含 KEGG ID 的 DEM	88	52

详细分析进入：

• 多元统计 — PCA / PLS-DA / OPLS-DA
• 差异代谢物 — t 检验 / 火山图 / 热图 / 注释
• KEGG 富集 — 通路富集 + bubble 图

📂 本节相关产出文件

质控与清洗矩阵（TSV）

• qc_summary.tsv — pos/neg 特征数、过滤前后对比 | 在线下载 | 本地查看
• pos_qc_metrics.tsv — 每特征的 missing_rate / RSD / detection_freq（pos） | 在线下载 | 本地查看
• neg_qc_metrics.tsv — 同上（neg） | 在线下载 | 本地查看
• pos_matrix_clean.tsv — pos 清洗后的特征 × 样本矩阵（缺失填充） | 在线下载 | 本地查看
• neg_matrix_clean.tsv — neg 清洗后的特征 × 样本矩阵 | 在线下载 | 本地查看
• pos_matrix_raw_filtered.tsv — pos 仅过滤未填充的矩阵（保留 NA） | 在线下载 | 本地查看
• neg_matrix_raw_filtered.tsv — 同上（neg） | 在线下载 | 本地查看