宏基因组：概览

基本信息

  • 矩阵：粪便宏基因组（shotgun metagenomics）
  • vendor 批次：Novogene X101SC250910466-Z01-J001
  • 样本数：20（Con 10 + Dep 10，对称）
  • 物种注释：MicroNR 数据库，6 层分类（phylum → species）
  • 功能注释：KEGG（KO / Level2 / Level3 / Module）

物种丰度概况

各分类层级物种数
level kind n_taxa n_samples total_abundance_mean
phylum absolute 157 20 3.015840e+07
phylum relative 157 20 9.999999e-01
class absolute 153 20 3.015840e+07
class relative 153 20 9.999999e-01
order absolute 284 20 3.015840e+07
order relative 284 20 9.999999e-01
family absolute 617 20 3.015840e+07
family relative 617 20 9.999999e-01
genus absolute 2106 20 3.015840e+07
genus relative 2106 20 9.999999e-01
species absolute 9109 20 3.015840e+07
species relative 9109 20 9.999999e-01

Alpha 多样性组间比较

Alpha 多样性 Wilcoxon 检验
index con_mean dep_mean delta p_value p_adj
shannon 4.8969 4.9566 0.0597 0.9698 0.9698
simpson 0.9747 0.9786 0.0040 0.3075 0.6617
invsimpson 42.7949 48.7715 5.9766 0.3075 0.6617
chao1 6489.5800 6403.4500 -86.1300 0.4274 0.6617
ace 6511.8200 6425.1500 -86.6700 0.4274 0.6617
observed 6407.0000 6340.6000 -66.4000 0.4727 0.6617
pielou 0.5587 0.5662 0.0075 0.7910 0.9229

组间 alpha 多样性无显著差异（所有 p > 0.4），说明抑郁组与对照组在物种丰富度和均匀度上整体相当。

Beta 多样性统计检验

方法 距离 统计量 p 值
PERMANOVA Bray-Curtis R² = 0.0355 0.505
ANOSIM Bray-Curtis R = 0.0127 0.3

PERMANOVA R² 仅 ~0.035，群落整体结构无显著组间差异。但物种层和 KO 层存在局部差异（见差异分析页面）。

分析摘要

阶段 结果
物种数（species 层） 9,109
Alpha 多样性 组间无显著差异
Beta 多样性 PERMANOVA p > 0.05，不显著
Wilcox 差异物种 (p<0.05, |log2FC|>1) 517
MetaGenomeSeq fitFeatureModel (FDR<0.1) 29
LEfSe biomarkers 1,092
KEGG KO 差异 (p<0.05, |log2FC|>0.5) 318

详细分析进入：

📂 本节相关产出文件

物种丰度概况

Alpha / Beta 多样性