KEGG 通路图(18)

本章涵盖 KEGG 通路可视化(18.R + 18a/b/c)。包括 GSEA 山脊图和交互式 KEGG 通路浏览器。

GSEA 山脊图

各亚群显著富集通路的 GSEA Mountain Plots(共 10 页):

GSEA Mountain Plot (1)

GSEA Mountain Plot (1)

GSEA Mountain Plot (2)

GSEA Mountain Plot (2)

GSEA Mountain Plot (3)

GSEA Mountain Plot (3)

GSEA Mountain Plot (4)

GSEA Mountain Plot (4)

GSEA Mountain Plot (5)

GSEA Mountain Plot (5)

GSEA Mountain Plot (6)

GSEA Mountain Plot (6)

GSEA Mountain Plot (7)

GSEA Mountain Plot (7)

GSEA Mountain Plot (8)

GSEA Mountain Plot (8)

GSEA Mountain Plot (9)

GSEA Mountain Plot (9)

GSEA Mountain Plot (10)

GSEA Mountain Plot (10)

KEGG 通路交互浏览器

18a/b/c 脚本通过 KEGG API 下载通路图,标注差异基因的 log2FC 颜色,生成可交互的 HTML 页面。

共覆盖 5 个对比组 × 多条通路

对比组 亚群 含义
C0_Immature_DvC Immature 亚群 Disease vs Control
C0_Immature_TvD Immature 亚群 Treatment vs Disease
C1_IFNg_Active_DvC IFNγ-Active 亚群 Disease vs Control
C1_IFNg_Active_TvD IFNγ-Active 亚群 Treatment vs Disease
C23_NETs_Death_TvD NETs/Death 亚群 Treatment vs Disease

202 张通路 PNG + 181 个交互 HTML 页面

注记

点击下方链接进入 KEGG 通路浏览器(独立子站点),可逐条通路查看基因高亮:

→ 进入 KEGG 通路浏览器

在通路浏览器中,每张通路图上的基因节点按 log2FC 着色(红=上调,蓝=下调),鼠标悬停可查看基因名和表达值。

📂 本节相关产出文件

统计表

图(PDF 高清版)

KEGG 通路交互浏览器

  • kegg_api/index.html — 通路浏览器入口(含 202 张通路图 + 181 个交互页面)