轨迹推断(10-11, 17)
本章涵盖 Monocle3 轨迹推断和拟时序分析。10-11 基于原始中性粒子集(04),17 基于清理后的子集(14)。
10 — Monocle3 轨迹推断
将 Seurat 中性粒对象转为 Monocle3 CDS,学习轨迹图(principal graph),推断拟时序。
IL-1β 通路验证
Disease 组细胞偏向轨迹末端(成熟/激活态),IL-1β 通路基因在该区域高表达。
11 — 拟时序基因分析
对全部基因做 Moran’s I 检验,筛选沿拟时序显著变化的基因。
拟时序基因统计
17 — 清理后重做轨迹
14.R 去除 T/B 细胞污染后,对干净的 4 亚群重新做 Monocle3 轨迹推断,结果更可靠。
清理后的轨迹更清晰地展示了从 Immature (C0) → IFNγ-Active (C1) → NETs/Death (C2/C3) 的发育方向。







