QC + 细胞注释（01-03）

本章涵盖分析流程的前三步：样本加载与合并（01）、质控+降维+聚类（02）、自动细胞类型注释（03）。

01 — 样本加载与质控

9 个样本的 Seurat .rds 文件加载后合并为单一对象。质控标准：

• nFeature_RNA > 200 且 < 7,500
• nCount_RNA < 50,000
• percent.mt < 20%

各样本 QC 指标分布（nFeature、nCount、percent.mt）

02 — 降维与聚类

标准化（LogNormalize）→ 2,000 高变基因 → ScaleData（回归 nCount_RNA + percent.mt）→ PCA（50 PC）→ Harmony 批次校正 → UMAP → Louvain 聚类。

PCA

PCA 按组别着色（Harmony 整合前）

UMAP 可视化

UMAP 聚类结果（按 cluster / group / sample 着色）

Cluster Marker 基因

Top Marker 基因 FeaturePlot

Top Marker 基因 ViolinPlot

老师指定基因验证

指定基因 DotPlot

指定基因 ViolinPlot

03 — SingleR 自动注释

使用 celldex::MouseRNAseqData() 参考数据集，通过 SingleR 对每个 cluster 进行自动细胞类型注释。

注释结果

注释后 UMAP 总览

全景 Marker 概览（各细胞类型 canonical markers）

SingleR 诊断

SingleR 注释置信度热图

SingleR 与手动注释对比

老师指定 Marker 在各注释类型中的表达

细胞类型统计

中性粒细胞（Granulocytes）在 Disease 组显著扩增（5,406 vs Control 1,210），是后续重点分析对象。

📂 本节相关产出文件

统计表

• sample_info.csv — 样本分组信息 | 在线下载 | 本地查看
• 02_cluster_markers_all.csv — 全部 Cluster Marker 基因 | 在线下载 | 本地查看
• 03_auto_annotation_table.csv — SingleR 注释结果 | 在线下载 | 本地查看
• 03_cell_type_stats.csv — 细胞类型统计 | 在线下载 | 本地查看

图（PDF 高清版）

• 01_qc_metrics_summary.pdf — QC 指标
• 02_pca_analysis.pdf — PCA
• 02_umap_visualization.pdf — UMAP
• 02_top_markers_featureplot.pdf — Marker FeaturePlot
• 02_top_markers_violin.pdf — Marker ViolinPlot
• 02_teacher_panel_dotplot.pdf — 指定基因 DotPlot
• 02_teacher_panel_violin.pdf — 指定基因 ViolinPlot
• 03_annotation_result.pdf — 注释 UMAP
• 03_map_overview.pdf — 全景 Marker
• 03_singleR_heatmap.pdf — SingleR 热图
• 03_singleR_comparison.pdf — 注释对比
• 03_teacher_marker_overview.pdf — 老师指定 Marker